Maksu- ja Tolliamet on avaldanud oma kodulehel juhise piiriülese töötamise korral Eestis vastava tulu maksustamisele kohaldatavatest erireeglitest (https://www.emta.ee/et/ariklient/tulu-kulu-kaive-kasum/muudatused/eesti-residentide-valisriigist-saadud-tootasu-ja) COVID-19 põhjustatud eriolukorra ning sellele järgnenud liikumispiirangute ajal. Seetõttu ei ole välisriigis tööl käivatel inimestel olnud tihti võimalik naasta residendiriigist töökohariiki ja töökohariigist residendiriiki. Sisuliselt on tegu erandkorras rakendatavate maksureeglitega, et lihtsustada piiriülese töötamise maksustamist põhjustel, mis ei ole seotud ei töötaja ega tema tööandja vaba valikuga.
Eesti residendi puhul, kes töötas enne eriolukorda välismaal, kuid kes oli eriolukorra või liikumispiirangute tõttu sunnitud töötama kaugtöö vormis Eestis, maksustatakse tema töötasu nii, nagu eriolukorda ei oleks olnud. Seega ka tema Eestis töötatud päevad loetakse välisriigis viibitud päevade hulka ning kaugtöö tegemise ajal saadud töötasu loetakse tulumaksuseaduse § 13 lg 4 tähenduses välisriigis maksustatuks, otsekui inimene oleks viibinud töötamise eesmärgil välisriigis vähemalt 183 päeval 12 järjestikuse kalendrikuu jooksul. Ehk siis sel juhul käsitleb Eesti maksustamisel seda tulu kui välisriigist saadud maksuvaba töötasu, mis tuleb deklareerida füüsilise isiku tuludeklaratsioonis vaid info mõttes.
Samuti maksustatakse eelpool kirjeldatud olukorras ka välismaise töötasu asemel makstud tasu või töötasu hüvitist nii, nagu eriolukorda ei oleks olnud. Seega ei tekitaks Eesti residendile makstud tasu eelpool kirjeldatud olukordades välismaisele tööandjale kohustust registreerida end Eestis mitteresidendist tööandjaks.
Kui aga Eesti resident jätkab kaugtöö vormis töötamist Eestis ka pärast liikumispiirangute kehtetuks tunnistamist, siis kohaldatakse tema töötasu maksustamisel enne pandeemia puhkemist kehtinud üldreegleid. Sel juhul tekiks välismaisel tööandjal ka kohustus registreerida end Eestis mitteresidendist tööandjaks.
Mitteresidentidele kohaldatakse järgnevaid erireegleid vaid juhul, kui mitteresident on pärit riigist, kellega Eestil on kehtiv topeltmaksustamise vältimise leping:
• Mitteresident, kes töötas enne eriolukorda Eestis mitteresidendist tööandja heaks ja pidi seda tegema alla 183 päeva, kuid oli sunnitud seda töötamist jätkama eriolukorra või liikumispiirangute tõttu, on saadud töötasu osas maksustatav Eestis ainult juhul, kui ta jätkab Eestis töötamist ka pärast liikumispiirangute kehtetuks tunnistamist.
• Kui sarnane mitteresident ei saa pärast töö lõppemist Eestist lahkuda, siis ei maksustata tema töötasu hüvitist tingimusel, et pärast liikumispiirangute kehtetuks tunnistamist lahkub mitteresident Eestist.
• Kui mitteresident töötas enne eriolukorda Eestis siinse tööandja juures, kuid eriolukorra tõttu oli sunnitud jätkama töötamist füüsiliselt välisriigis, siis tema töötasu välisriigis töötamise perioodi ajal Eestis ei maksustata.
Lisaks selgitatakse juhises ka erandeid füüsilise isiku maksuresidentsuse määramisel. Kui füüsiline isik viibis eriolukorra ajal Eestis, kuid oleks ilma selleta Eestist lahkunud, siis ei loeta sel ajal Eestis viibitud päevi nende 183 päeva hulka 12-kuulise järjestikuse perioodi jooksul, mida võetakse arvesse Eesti maksuresidentsuse määramisel. Ka pärast eriolukorra lõppu Eestis veedetud päevi ei võeta residentsuse määramisel arvesse, kui välisriiki liikumine oleks ebamõistlikult kulukas või keeruline või kui välisriigis kehtiks sisenejale kohustuslik karantiin või muu liikumisvabadust piirav meede.